Practical computing for biologists – a gentle introduction
Karta opisu przedmiotu
Informacje podstawowe
- Kierunek studiów
- Biologia
- Ścieżka
- -
- Jednostka organizacyjna
- Wydział Biologii
- Poziom kształcenia
- drugiego stopnia
- Forma studiów
- studia stacjonarne
- Profil studiów
- ogólnoakademicki
- Obligatoryjność
- fakultatywny
- Cykl kształcenia
- 2024/25
- Kod przedmiotu
- UJ.WBlBIOS.250.15052.24
- Języki wykładowe
- angielski
- Przedmiot powiązany z badaniami naukowymi
- Tak
- Dyscypliny
- Nauki biologiczne
- Klasyfikacja ISCED
- 0511 Biologia
- Kod USOS
Prowadzący zajęcia
Wiesław Babik, Piotr Zieliński
|
Okresy
Semestr 1, Semestr 3
|
Forma weryfikacji uzyskanych efektów uczenia się
zaliczenie na ocenę
Forma prowadzenia i godziny zajęć
ćwiczenia:
45
|
Liczba punktów ECTS
5.0
|
Cele kształcenia dla przedmiotu
| C1 | Zapoznanie studentów ze sposobami automatyzacji obróbki i analizy różnych typów danych biologicznych przy wykorzystaniu standardowych narzędzi linii komendy Linux/Unix oraz języka programowania R |
Efekty uczenia się dla przedmiotu
| Kod | Efekty w zakresie | Kierunkowe efekty uczenia się | Metody weryfikacji |
| Wiedzy – Student zna i rozumie: | |||
| W1 | Student wie jak sformatować i uporządkować dane w plikach oraz pliki w folderach | BIO_K2_W09, BIO_K2_W10 | zaliczenie na ocenę |
| W2 | Student rozumie format i strukturę plików tekstowych | BIO_K2_W09, BIO_K2_W10 | zaliczenie na ocenę |
| W3 | Student zna polecenia powłoki system Linux oraz podstawowe narzędzia wykorzystywane do automatyzacji przetwarzania i analizy danych | BIO_K2_W09, BIO_K2_W10 | zaliczenie na ocenę |
| W4 | Student zna podstawowe polecenia i konstrukcje języka R oraz role pakietów R w analizie danych | BIO_K2_W09 | zaliczenie na ocenę |
| Umiejętności – Student potrafi: | |||
| U1 | Połączyć się zdalnie z komputerem pracującym pod kontrolą systemu Linux oraz pracować w linii komendy Linux | BIO_K2_U06 | zaliczenie na ocenę |
| U2 | Używać edytora tekstu Nano | BIO_K2_U06 | zaliczenie na ocenę |
| U3 | Automatyzować rutynowe zadania w zakresie obróbki i analizy danych w powłoce system Linux z wykorzystaniem standardowych narzędzi linii komendy | BIO_K2_U01, BIO_K2_U06 | zaliczenie na ocenę |
| U4 | Wykorzystać R i Rstudio do wizualizacji, podsumowania, zmiany struktury i filtrowania danych | BIO_K2_U01, BIO_K2_U06 | zaliczenie na ocenę |
| Kompetencji społecznych – Student jest gotów do: | |||
| K1 | Uznania zasadniczej roli plików tekstowych w wymianie i analizie danych | BIO_K2_K02, BIO_K2_K08 | zaliczenie na ocenę |
| K2 | Uznania zalet wykorzystania narzędzi linii komendy systemu Linux w analizie danych biologicznych | BIO_K2_K02, BIO_K2_K08 | zaliczenie na ocenę |
| K3 | Uznania zalet skryptów jako trwałego zapisu analizy danych niezbędnego dla powtarzalnej nauki | BIO_K2_K02, BIO_K2_K08 | zaliczenie na ocenę |
Bilans punktów ECTS
| Forma aktywności studenta | Średnia liczba godzin* przeznaczonych na zrealizowane rodzaje zajęć | |
| ćwiczenia | 45 | |
| przygotowanie do ćwiczeń | 30 | |
| przygotowanie się do sprawdzianu zaliczeniowego | 25 | |
| samodzielne rozwiązywanie zadań komputerowych | 25 | |
| Łączny nakład pracy studenta |
Liczba godzin
125
|
ECTS
5.0
|
* godzina (lekcyjna) oznacza 45 minut
Treści programowe
| Lp. | Treści programowe | Efekty uczenia się dla przedmiotu |
| 1. |
|
W1, W2, W3, W4, U1, U2, U3, U4, K1, K2, K3 |
Informacje rozszerzone
Metody nauczania :
dyskusja, ćwiczenia przedmiotowe, konsultacje
| Rodzaj zajęć | Formy zaliczenia | Warunki zaliczenia przedmiotu |
|---|---|---|
| ćwiczenia | zaliczenie na ocenę | Uzyskanie ponad 50% punktów z testu zaliczeniowego |
Wymagania wstępne i dodatkowe
brak
Literatura
Obowiązkowa- Instrukcje do ćwiczeń przygotowane przez prowadzących / Manuals prepared by the instructors
- Wickham, H., & Grolemund, G. (2016). R for data science: import, tidy, transform, visualize, and model data. O'Reilly Media, Inc.
- Shotts, W. (2019). The Linux command line: a complete introduction. No Starch Press.